Você deve tentar;
for i in *.mp4; do
SUB={i%%.mp4}.srt
ffmpeg -i "$i" -fix_sub_duration -i "$SUB" -c:s mov_text -c:v copy -c:a copy -map 0:v -map 0:a -map 1 -metadata:s:s:0 language=eng "$i"
done
Você deve testar o comando acima copiando um arquivo mp4 e sua legenda em um diretório vazio, e tente lá. Se funcionar, então você pode continuar.