Para listar arquivos ocultos usando o PowerShell você terá que usar o parâmetro -Force . Então, usando Get-ChildItem -Force -Recurse , você obterá uma lista de todos os arquivos, incluindo arquivos ocultos.
Get-Help Get-ChildItem -Examples :
The Force parameter adds hidden files to the display.
Sim, não é intuitivo e a descrição do parâmetro em si não lhe diz.
Para a própria linha de comando, seria dir /A ou dir /AH listar apenas arquivos ocultos, mas não tenho certeza de como você procuraria essa saída.