Você pode usar o ffmpeg , uma ferramenta de linha de comando gratuita para fazer isso.
ffmpeg -i video1.mp4 -i video2.mp4 -i video3.mp4 -c copy -map 0:v -map 0:a -map 1:a -map 2:a combined.mp4
Para que todas as faixas de áudio estejam em sincronia, os fluxos de vídeo devem ser idênticos.