O OneDrive sincroniza seus arquivos nas duas direções, para que o conteúdo da pasta sincronizada seja idêntico em todos os dispositivos. Se você excluir arquivos em um dispositivo, eles deverão desaparecer no restante deles.
Se você quiser excluir arquivos do OneDrive, mas mantê-los em um dispositivo, basta movê-los para fora da pasta sincronizada nesse dispositivo.