Eu tenho uma resposta que cobre parcialmente a sua pergunta e parcialmente é informativa.
O que eu descobri ... está tudo armazenado dentro de ~/.local/share/zeitgeist/activity.sqlite
(banco de dados SQLite 3.x) e usa uma ferramenta chamada Rastreador (Aplicativos - > Acessórios - > Ferramenta de pesquisa de rastreador).
E há plug-ins do Tracker para o Totem, o Nautilus e o Seletor de Arquivos do GTK + (portanto, ele precisa ser 1 desses 3). Isso é feito com 'Data Providers' e todo programa que quiser usar isso precisa de um.
Assim, a resposta para a pergunta 1 seria "não", já que precisamos apenas alimentar o provedor de dados com o nome do arquivo que você precisa. E a resposta para a pergunta número 2 seria "sim". Apenas os aplicativos que usam um provedor de dados podem ser usados.
Todos os dados coletados de um tutorial sobre o Diário de Atividades do GNOME, o Zeitgeist e o Sezen . Esta página também fala sobre arquivos vim e emacs sendo registrados e tem código de exemplo python, mas estes não parecem funcionar (eu postei um comentário pedindo uma maneira de adicionar arquivos através da linha de comando).