Eu tive exatamente o mesmo problema no meu sistema. O Unity está realmente com problemas agora e não funciona bem com outros plug-ins do Compiz, especialmente quando você mexe com as configurações.
Tente ativar plug-ins que não entrem em conflito com outros que a unidade está usando (ele fornece um aviso quando você tenta). Você também pode tentar desativar o plug-in da unidade, ajustando o conteúdo do seu coração, reativando a união e resolvendo todos os problemas para os quais ele alerta. Este último trabalhou para mim até certo ponto.
O Unity ainda era um pouco bugs demais para eu usar todos os dias, eu recomendaria escolher o 'Ubuntu Classic' Desktop na tela de login e então ajustar o compiz ao conteúdo do seu coração. Eu tenho tudo, desde "janelas bambas" até "cubo de mesa", funcionando como um encanto com unidade desativada.