Uma boa lista de programas para fazer isso foi discutida aqui . Mencionados foram Xmove, Xpra e Guievict.
OXpra parece bem mantido (mais que xmove) e tem uma versão do Windows. O Guievict parece ser para salvar o estado do programa e parece não estar alinhado com o seu caso de uso. O Xpra "faz proxy" do servidor X de maneira semelhante ao tmux / screen e o uso é bem parecido também.
Na área de trabalho do Ubuntu:
xpra start :100
DISPLAY=:100 gvim
Quando você está no laptop:
xpra attach ssh:desktop-hostname:100
E quando você está na área de trabalho, apenas
xpra attach :100
Agora, se você quiser iniciar gvim
do laptop, será necessário executar o comando sobre SSH. Algo como
ssh user@desktop-hostname xpra start :100
do Cygwin fará o trabalho. Você pode até transformá-lo em um atalho do Windows usando run.exe
do Cygwin.