Um substituto seria usar o FreeNX. O Freenx é seguro e mais rápido que o VNC.
Veja a página The Ubuntu Wiki FreeNX .
Se você quiser encapsular VNC sobre SSH, eu pessoalmente usaria um servidor VNC alternativo, vnc4server.
Você usaria ssh com putty, tunelaria a porta VNC por SSH, iniciaria o vncserver e então se conectaria a um cliente vnx.
Pode parecer complexo, mas há uma boa caminhada por aqui:
Tunneling VNC sobre SSH com PuTTY
É um guia gráfico (o melhor que conheço) fazendo exatamente o que você quer.
A vantagem do tunelamento sobre o ssh é que ele aumenta a segurança.
Também aconselho que você use chaves e desabilite a autenticação de senha.
E finalmente, aqui está um tutorial sobre como importar chaves open-ssh para putty