Parece que o rsync está usando um inteiro de 32 bits assinado para armazenar o tamanho do arquivo, e seu arquivo é tão grande que o valor parece negativo.
Se você estiver em uma caixa de 64 bits, veja se consegue encontrar uma versão de 64 bits do rsync. Se não, tente outras implementações de rsync (as duas que vêm à mente são DeltaCopy e cwRsync). Eu suspeito que todas essas implementações de rsync são apenas portas do mesmo código, mas vale a pena tentar. A empresa que fornece DeltaCopy possui um produto comercial compatível que pode resolver seu problema.
Existem muitos programas de cópia de arquivos, tanto gratuitos quanto comerciais, então é necessário que haja um que possa resolver seu problema. Um exemplo é o SyncBack (disponível em versões gratuitas e comerciais).