Eu acho que isso funciona melhor do que a outra resposta, já que ele combinou linhas com 4 vírgulas.
Claro que isso funciona com qualquer personagem, apenas substitua as vírgulas ...
Se você não quiser corresponder com menos de 3 vírgulas por linha, usei este padrão:
^[^,\n]*((,[^,\n]*){3}$)
Explicação de cada parte deste padrão segue (porque as expressões regulares não são óbvias para mim :-)):
^
No início da expressão reg, significa desde o começo da linha
[^,\n]*
Corresponde a qualquer número de caracteres que não sejam de nova linha ou vírgula
(,[^,\n]*)
Corresponde a uma única vírgula seguida de zero ou mais caracteres que não são vírgula ou nova linha
{3}$
Isso significa encontrar o padrão anterior exatamente três vezes antes do final da linha
((,[^,\n]*){3}$)
Certifique-se de colocar parênteses em volta desta parte para deixar claro o que é repetido três vezes (não o primeiro zero ou mais caracteres que não são uma vírgula ou uma nova linha)
Pode muito bem ser uma maneira mais simples - mas eu tenho testado e tenho certeza que isso funciona perfeitamente na versão atual do notepad ++.