O mSATA é o mesmo da porta SATA padrão, mas usa a forma física do conector mini-PCIe. Não há diferença de desempenho, apenas uma diferença de tamanho físico. Em alguns laptops, o conector pode ser configurado no BIOS para funcionar como um slot mSATA ou mini-PCIe (você não pode conectar um mSATA em um slot mini-PCIe ou vice-versa, não funcionará).
mSATA "drives" são muito pequenos, essa é a vantagem do mSATA. Os adaptadores para converter um mSATA em um tamanho SATA padrão de 2,5 polegadas são baratos e amplamente disponíveis.
Não existem discos rígidos tradicionais mSATA, então você teria que usar um adaptador (se existir para ir de mSATA para SATA, não tenho certeza se existe tal coisa) para encaixar uma unidade SATA padrão em um mSATA. slot.
Portanto, se você tiver um SSD de tamanho normal para uso do sistema operacional e uma unidade giratória de alta capacidade (3TB, 4TB) para armazenamento, será necessário um de cada porta.