Isso soa como uma mistura entre o efeito Larsen (microfone captando seu próprio alto-falante) e um algoritmo de cancelamento de eco que não funciona.
O que você pode fazer é verificar o seu mixer de som e desativar a reprodução do microfone (você não precisa gravar algo).
Isso deve resolver a maioria dos problemas.
Você também pode verificar se o seu microfone e / ou software de gravação possui uma opção de cancelamento de eco e desativá-lo.
Além disso, se você tiver um software sofisticado de gerenciamento de som, certifique-se de que nenhum "efeito especial divertido" esteja ativado.
Tenha em mente que microfones embutidos não são muito bons, então você não será capaz de obter uma gravação HiFi clara de qualquer maneira ... (Mas você deve ser capaz de gravar voz humana com uma qualidade boa o suficiente e sem alienígenas som fx :-))