Você está procurando o programa mlabel do pacote mtools.
Do manual
The mlabel command adds a volume label to a disk. Its syntax is: mlabel [-vcsn] [-N serial] drive:[new_label]
Eu tenho vários pen drives que foram todos feitos com mkfs.vfat -n FOO e eu gostaria de re-rotular os sistemas de arquivos sem ter que pegar todos os arquivos neles, reformatar e colocar os arquivos de volta. Existe uma opção para mkfs.vfat eu não estou vendo, ou alguma outra ferramenta, que pode fazer isso?