Coloque os backticks contendo o comando pkg-config no final da linha. Por alguma razão, o gcc apenas o lê corretamente se for o último. Eu tive exatamente o mesmo problema hoje tentando construir exemplos do repositório GTK. A linha em seus makefiles,
$(CC) -o $(@F) $(LIBS) $(OBJS)
deve ser
$(CC) -o $(@F) $(OBJS) $(LIBS)
em vez disso.