Realmente você só precisa formatar e instalar o DOS na nova unidade e usar xcopy /s /e
para copiar tudo para a nova unidade.
Lembre-se de que o Windows 3.11 não é um sistema operacional. Foi simplesmente um aplicativo instalado no topo do DOS. Antigos sistemas DOS + Windows 3.x eram triviais para clonar. Você acabou de copiar os arquivos para outra unidade e, em seguida, certificou-se de que preparou a nova unidade para inicializar. O que pode ser tão simples quanto executar sys driveletter:
ou passar a opção /b
para formatar quando você criou o sistema de arquivos.
A única vez em que você se deparou com problemas foi com o software DRM inicial que fez coisas estranhas, como ignorar o sistema operacional e gravar bits secretos diretamente na unidade em locais incomuns.