Parece que você perdeu o operador de chamadas &
$files = get-childitem -Filter *.exe folder
foreach ($file in $files)
{
&$file.Fullname /s
}
Mas você também pode usar start-process
$files = get-childitem -Filter *.exe folder
foreach ($file in $files)
{
Start-Process $file.Fullname -ArgumentList "/s"
}