Fico feliz que eu não sou o único sendo lentamente levado à loucura por isso!
Infelizmente, a única solução que encontrei é mudar do Unity para o Gnome Shell. O switch é indolor, basta executar o seguinte comando:
$ sudo apt-get install gnome-shell
Quando solicitado durante a instalação, recomendo que você fique com o gerenciador de login / display padrão atual: lightdm .
E, em seguida, efetue logout. Ao fazer login novamente, clique no pequeno ícone ao lado do nome do usuário para selecionar o ambiente da área de trabalho. Selecione Gnome e faça o login normalmente. O Gnome Shell é bem parecido com o Unity, e não tem esse bug irritante. Espero que ajude!