Basicamente, você tem três opções:
Opção 1: BIOS / MBR
Você pode usar a inicialização no modo BIOS com uma tabela de partições MBR. Ao contrário do que você afirmou em sua pergunta, o Linux não precisa de uma partição primária. Há também maneiras de fazer o boot do Windows com apenas uma primária, mas não sou especialista nisso. Assim, você deve conseguir que tudo funcione com duas ou três partições primárias e tudo o mais em partições lógicas. Configurar isso não deve ser difícil, mas há muitos pequenos detalhes, muitos dos quais não têm resposta certa ou errada. Eu recomendo instalar o FreeBSD ou o Windows primeiro e o Linux por último. Preparar suas partições antes de começar pode valer a pena, se você entender suas necessidades com bastante antecedência.
Opção 2: EFI / GPT
Você pode ter quantas partições GPT desejar (128 é o limite padrão, mas pode ser aumentado se necessário). Não há distinção entre partições primárias, estendidas e lógicas no GPT; existem simplesmente partições (sem modificador). No entanto, o Windows inicializará a partir de um disco GPT somente no modo EFI, portanto, essa opção depende do fato de você ter um firmware compatível com EFI. (Se você tivesse uma razão strong o suficiente para favorecer essa abordagem, você poderia procurar usar DUET em um computador baseado em BIOS, mas IMHO é mais esforço do que vale na maioria dos casos.) Supondo que você tenha um computador baseado em EFI, o maior problema com essa abordagem é que o gerenciador de partida FreeBSD EFI ainda é experimental e não está integrado ao processo de instalação do FreeBSD, ou mesmo oficialmente disponível em formato binário. Assim, você pode precisar inicializar o FreeBSD no modo BIOS e o Windows no modo EFI. (O Linux pode inicializar em qualquer modo.) Isso é possível com a maioria dos computadores modernos baseados em EFI, mas pode ser complicado. A maneira menos difícil de fazer isso é usar rEFInd como gerenciador de inicialização. Este programa é um gerenciador de inicialização EFI, mas inclui a opção de iniciar um carregador de inicialização no modo BIOS. Você precisará remover o comentário da linha scanfor em refind.conf e garantir que hdbios esteja entre suas opções. Esteja ciente de que a capacidade do rEFInd de iniciar carregadores de inicialização no modo BIOS é limitada, portanto, teste-o em seu computador antes de investir muito esforço nessa abordagem.
Opção 3: BIOS / MBR híbrido
Eu hesito em mencionar essa opção, porque a IMHO é a pior das três por uma larga margem; mas estou tentando ser completo, pelo menos na enumeração das opções. Quando apresentado com um MBR híbrido, o Windows vê o lado do MBR, o Linux vê o lado da GPT e o FreeBSD vê os dois lados . O resultado disso é que você pode particionar o disco usando GPT para todos os SOs, configurar o Linux e o FreeBSD para inicializar com isso, criar um MBR híbrido no disco GPT e instalar o Windows para usar as partições do MBR. Você precisará reinstalar o GRUB (já que o Windows insistirá em sobrescrever o GRUB). Essa pode ser uma opção aceitável se você realmente precisar de mais partições primárias do que as disponíveis, mas como a página vinculada aos MBRs híbridos descreve, elas violam a especificação da GPT e introduzem novos perigos em seu gerenciamento de partição. Assim, não posso recomendar este método, a menos que você tenha algum motivo convincente para usá-lo. (Pode ser necessário se você estivesse instalando em um Mac, por exemplo).
No geral, acho que a opção BIOS / MBR provavelmente será a melhor para sua situação; no entanto, se você tiver um computador baseado em EFI e quiser experimentar o software FreeBSD de ponta, considere a opção EFI / GPT. Se você estiver usando um Mac, a opção MBR híbrida pode ser necessária.