Existem várias maneiras de fazer isso, mas a mais simples é provavelmente:
rm -r [1-2][0-9][0-9][0-9][0-9][0-9]
Aconselho você a colocar um echo
na frente do rm
primeiro, apenas para ter certeza de encontrar os diretórios que deseja remover.
É possível que você fique sem memória para a linha de comando, caso em que você pode precisar usar:
for f in [1-2][0-9][0-9][0-9][0-9][0-9]; do rm -r $f; done