Isso provavelmente está "funcionando como pretendido":
O SQLite é uma tecnologia muito comum, e existem muitos, muitos programas que dependem disso. Se você limpar o sistema, todos os programas que o necessitarem também serão removidos. Ou seja, se o SVN exigir SQLite e você remover o SQLite, o SVN também será removido. Você precisa instalar outra versão ou pacote que forneça libsqlite3-0
antes ou ao mesmo tempo que você remove libsqlite3-0 v3.6.23
para evitar que isso aconteça.