Definir o aplicativo padrão para um tipo de arquivo como um aplicativo como /usr/local/Cellar/macvim/7.3-66/MacVim.app
já deve funcionar.
Se você usar o Alfred, poderá adicionar diretórios como /usr/local/Cellar
ao escopo da pesquisa. Se você usar o Spotlight, poderá criar aliases em vez de links simbólicos para os aplicativos. O Spotlight trata links simbólicos para arquivos do sistema como arquivos de sistema, mas não para aliases para arquivos do sistema.
Você pode criar aliases em um shell usando o osascript:
find /usr/local/Cellar -name \*.app|while read l;do osascript -e 'on run {a}' -e 'tell app "Finder" to make new alias file at POSIX file "/Applications" to POSIX file a' -e end "$l";done