O Synaptic é um front end GUI para o aplicativo apt-get e usa o recurso apt-get dist-upgrade
para o upgrade por padrão, em oposição a apt-get upgrade
que você está usando na linha de comando.
Fonte: link
A razão pela qual as recomendações dos processos são diferentes é que dist-upgrade
tenta resolver de maneira inteligente as dependências de pacotes e quaisquer problemas mais profundamente do que o recurso upgrade
genérico.
Em minha própria experiência, observei recomendações de remoção em massa, como as mostradas quando estou removendo / alterando elementos em diferentes ambientes de área de trabalho.