A solução
A solução para este problema é adicionar os locais desejados às suas Bibliotecas. No Windows Explorer, você pode criar novas bibliotecas ou editar as existentes, além de adicionar o local que deseja fazer backup na janela de propriedades da referida biblioteca.
Por padrão, as bibliotecas são encontradas na seção Favoritos, na barra lateral esquerda do Explorer.
Depois disso, acesse o Histórico de arquivos e verifique se ele está configurado para fazer backup de suas bibliotecas.
A partir desse ponto, as coisas devem ter um backup automático.