Eu também tive o sistema congela com o Unity. Deve ter algo a ver com a placa gráfica e suporte 3D. Eu mudei para o Unity 2D e está estável como sempre. O Unity 2D faz uso da metacity Qt em vez de compiz e é muito mais leve. Parece mais ou menos o mesmo que Unity 3D e você pode sempre mudar de volta. Eu daria uma chance: link
Felicidades, Maurice