Eu não sei sobre o ZFS, mas o codec FLAC tem muitos parâmetros diferentes, e a estrutura dentro de um arquivo FLAC não é alinhada por byte em geral. Assim, qualquer ligeira alteração nas configurações provavelmente dará um fluxo muito diferente. Você sabe se os arquivos "idênticos" foram flacados com o mesmo software, a mesma versão de software e as mesmas configurações, na mesma arquitetura?
Supondo que haja algumas diferenças no bytestream (o que explicaria seu resultado 1.0), uma maneira de testar isso seria descompactar e recompactar todos os arquivos FLAC na mesma máquina. (Claro que esta operação não elimina nenhum dado, desde que os metadados sejam mantidos).