Para sincronização bidirecional, você deve usar o uníssono ( link ) porque o rsync não é tão bom sincronização bidirecional. O Unison funciona via ssh e fornece uma interface de linha de comando e uma interface gráfica com o usuário. Resolver conflitos tem que ser feito manualmente (confie em mim, é melhor fazê-lo manualmente).
A maioria das distribuições GNU / Linux tem uníssono em seus repositórios, a interface gráfica geralmente vem em um pacote separado como unison-gtk ou algo parecido.
EDIT: Não funciona via ftp, apenas ssh. Além disso, você precisa instalá-lo na origem e no destino.