Você pode usar o comando scp que é dedicado para transferir arquivos entre computadores em uma rede
Você não precisa ser root para copiar um arquivo da sua máquina local para executar este comando:
scp /home/Desktop/my.cnf user@remotemachine:/app/MySQL/my.cnf
Como sempre, se você precisar de privilégios de root, faça o login como root:
scp /home/Desktop/my.cnf root@remotemachine:/app/MySQL/my.cnf
man scp
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