Dados por projeto são armazenados em um diretório separado para cada projeto; Por padrão, esse diretório é .netbeans
diretamente dentro da raiz do projeto, mas é personalizável. Desinstalar a versão anterior não toca em nenhum desses dados, então não há problema.
A configuração aplicável ao próprio NetBeans entra em seu diretório pessoal por padrão; o desinstalador lhe dá a opção de não excluir isso, então não verifica o "diretório do usuário do NetBeans" ao desinstalar e você deve estar bem.