Use TreeSize para ver onde está indo todo o seu espaço. É uma ferramenta muito boa e é grátis. Você pode usá-lo para ver quais pastas estão ocupando mais espaço e muitas outras opções de filtragem e exibição.
Existe um atalho Admin que eu acho que irá mostrar-lhe todas as pastas que são protegidas pelo sistema, lembre-se de executá-lo como administrador!