Eu normalmente tenho pessoas que executam uma instalação do Wubi por uma semana ou mais antes de migrar para ter certeza. De onde você é, eu sugeriria o seguinte caminho para um sistema de inicialização dupla .
Remova a instalação do Wubi usando procedimentos normais de remoção de software do Windows.
Remova arquivos grandes desnecessários do seu sistema Windows.
Use um bom defragger para consolidar os arquivos na instalação do Windows.
Use uma inicialização ao vivo Ubuntu USB e GParted para reduzir a partição de instalação do Windows a um mínimo razoável, digo isso porque já está instalado e você nunca sabe quando ter um sistema Windows disponível para testar algo ou qualquer outra coisa virá a calhar.
Instale o Ubuntu no espaço em disco físico não utilizado. O Ubuntu se tornará a inicialização padrão e será o sistema primário totalmente funcional, sem restrições. Você pode ser como eu e nunca inicializar o Windows novamente, ou você pode encontrar um motivo para usá-lo para algo em raras ocasiões, seja qual for o motivo, custa apenas alguns GB.
Com relação à pergunta do gerenciador de inicialização. Se você instalar o Windows primeiro e deixar que o Ubuntu cuide da inicialização dupla durante sua própria instalação, ou se você apagar completamente as janelas através do instalador do Ubuntu (ele lhe dará a opção "usar disco inteiro"), o Ubuntu instale o seu próprio gerenciador de inicialização e, se ele for um sistema de inicialização dupla, gerencie a inicialização do Windows quando ele for inicializado.