O motivo mais comum é integração com o sistema. Para alguns aplicativos, basta abrir o aplicativo, usá-lo e, quando terminar, fechá-lo. Tudo relacionado a esse aplicativo é feito através do aplicativo. Um exemplo seria a calculadora ou um jogo de xadrez.
Outras aplicações precisam se integrar ao próprio OSX para proporcionar uma experiência melhor. Isso seria menus de contexto quando você clica com o botão direito em certos tipos de arquivos no Finder (como o menu Dropbox), mime-types e ícones associados (é assim que o OSX sabe exibir o ícone do Excel com .xls arquivos) e outros recursos que precisam estar disponíveis fora do próprio aplicativo (muito provavelmente enquanto ele estiver fechado também!).
Esses recursos extras não podem ser sempre ou facilmente executados arrastando e soltando, portanto, os aplicativos que os utilizam devem ter um script de instalação adicional. Frequentemente, os scripts do instalador também verificam se você tem o hardware apropriado disponível ou as bibliotecas de software instaladas se o aplicativo depender delas.