O problema foi resolvido graças às pessoas da MacPorts. Veja o bilhete da pista aqui . Houve um problema com o registro MacPorts. De alguma forma, o banco de dados SQLite tinha algumas sobras de dependência não autorizadas que precisavam ser removidas. Eu executei a consulta sqlite
sqlite> UPDATE dependencies SET id = 2323 WHERE id = 1407;
para substituir o id da porta ausente no banco de dados pelo id usado pelo pkgconfig. Funcionou como um encanto. Eu então poderia fazer
sudo upgrade outdated
novamente e continue atualizando todas as minhas portas desatualizadas e conserte as quebradas. Tudo bem agora!