Eu costumo olhar para as propriedades dos arquivos EXE e DLL primeiro, para ver se eles foram assinados por alguém - ou se eles contêm qualquer versão / informação da empresa.
É muito fácil para os autores de malware chamarem seus executáveis svchost.exe, evitando (temporariamente) suspeitas.
Clique com o botão direito do mouse no arquivo, escolha propriedades e veja se há uma guia 'versão'. Por exemplo, o arquivo 'calc.exe' em um computador que estou vendo agora mostra as seguintes informações:
Versão do arquivo: 5.2.3790.1830
Descrição: arquivo do aplicativo Windows Calculator
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E, em seguida, há carga de outras informações de versão abaixo dela (por exemplo, idioma, nome interno).
Se eu encontrar um EXE sem essa informação, considero-o como suspeito, mesmo que ele seja limpo com um antivírus. Eu ainda tenho que encontrá-lo - mas é possível que um arquivo com uma assinatura digital não seja válido. Na guia "assinaturas digitais" nas propriedades do arquivo (que está presente apenas se houver uma assinatura), clique no botão Detalhes para verificar o certificado.
Minha irmã parece ter um talento especial para pegar malware que ainda é desconhecido para os fornecedores de antivírus - por isso, essa abordagem costuma ser útil. Certa vez, tive o prazer de enviar três amostras não detectadas anteriormente no mesmo mês (descobri que eram todas as variantes de malware já existentes - mas haviam sido alteradas apenas o suficiente para evitar serem detectadas).