Você está carregando o módulo PHP? Em seu httpd.conf, verifique:
LoadModule php5_module libexec/apache2/libphp5.so
Claro, você deve mudar o caminho do módulo, para onde está sua libphp5.so.
Além disso, você também precisa da sua entrada
AddType application/x-httpd-php .php
Se você quiser usar índices com .php, modifique a condição dir_module:
<IfModule dir_module>
DirectoryIndex index.html index.php
</IfModule>
Mas antes de executar tudo isso, você pode executar um apt-get:
apt-get install libapache2-mod-php5