Quando você faz sudo cp -r /a/b /c/d , a pasta é copiada para /c/d/ como raiz com raiz como proprietário, portanto, você recebe uma Permissão negada porque precisa de permissão de raiz para abrir o diretório, tente abrir /c/d/ em um terminal raiz; Como alternativa, você precisa alterar o proprietário do arquivo ou corrigir a permissão usando chown / chmod para que o usuário atual possa acessar a pasta.
Nota: sudo cd não funciona, pois cd é um comando shell, não programas.