Por padrão, o NERDTree é iniciado no diretório de trabalho atual. Você provavelmente iniciou o Vim através do atalho instalado no menu Iniciar, cujo padrão é o diretório system32 . (Você pode verificar de dentro do Vim com :pwd .)
Recomendamos modificar o atalho que inicia o GVIM ( gvim.lnk : botão direito do mouse > Propriedades > Iniciar em :) para iniciar em M:\ . Esse é provavelmente um melhor padrão para iniciar o Vim, e também resolve o problema do NERDTree.