Eu sugeriria um backup de "imagem" de partição em vez de um clone para mover a instalação para outro disco rígido sem invasão, o SuperUser está repleto de muitas recomendações para softwares de imagem de unidade, use a função de pesquisa SU. Desde que você não mencionou o seu sistema operacional, não posso dar uma resposta de reparação MBR.