Eu fiz isso uma vez ao trabalhar em um CD ao vivo e sugeria copiar de casa para skel e, em seguida, testar e modificar arquivos individuais conforme necessário a partir desse ponto. Outra coisa, tente usar o Virtual Box e uma instalação simulada antes de fazer isso em um sistema real, só para garantir.
Para o GNOME, você também pode definir padrões no Gconf Editor (comando gconf-editor) clicando com o botão direito do mouse em um valor e optando por defini-lo como padrão.