Clique com o botão direito no Cairo Dock > Configure, depois clique na guia "Appearance" e tente selecionar um tema diferente para os ícones. Se os pontos de interrogação desaparecerem, isso deve ser um problema com o tema que você estava usando. Se isso não resolver o problema, você pode tentar escolher o ícone correto manualmente para cada ícone que não está funcionando. No entanto, para mim, parece estranho que você diga que eles desaparecem, ou algo assim .... De qualquer forma, espero que funcione.