Nenhum dos dados na unidade é necessário para a unidade funcionar. Você pode remover tudo isso se não quiser.
O Autorun apenas inicia os vários aplicativos que estão pré-instalados no disco - mesmo se você optar por manter qualquer um dos aplicativos, não será necessário executar o autorun.
Na verdade, se você usar esse disco flash como um disco de inicialização, provavelmente terminará particionando e formando o disco de qualquer maneira, o que apagará qualquer coisa nele.
Você pode copiar tudo primeiro se achar que gostaria de ver mais tarde.