Faço isso há vários anos, adicionando o local a %PATH% e sincronizando o diretório em todas as minhas máquinas usando o Windows Live Mesh. Eu também incluo uma carga de outras coisas, incluindo scripts, outros shells, Cygwin, Python portátil e aplicativos portáteis da PortableApps.com.
O local é indexado assim que é adicionado ao seu %PATH% , na minha experiência (pelo menos o conteúdo aparece na caixa de pesquisa do menu Iniciar).
Se você não gostar de colocá-los na raiz de C: , poderá colocá-los em Public e, em seguida, criar um link simbólico apontando para a raiz de C: , usando MKLINK .
Para adicionar o diretório a %PATH% permanentemente, digite:
setx PATH "%PATH%;C:\Utils"
Para criar um link simbólico apontando para Public da raiz de C: , digite:
mklink /d "C:\Utils" "C:\Users\Public\Documents\Utils"