Dê uma olhada em /etc/paths.d/ . Se houver um arquivo chamado git , é assim que o $PATH é manipulado.
Desde o Leopard, existe um método alternativo para manipular o PATH adicionando arquivos de texto a /etc/paths.d/ contendo linhas que serão anexadas à variável PATH. Simples, mas causa problemas se você não está ciente disso.
EDIT: Existe também um /etc/manpaths.d/