Não tenho certeza de qual versão do emacs você tem, o meu me dá este erro: %código% Para diretórios vazios, não se queixa.
De qualquer forma, na versão que tenho, há uma variável: (file-error Removing directory Directory not empty ...)
que decide se os diretórios podem ser excluídos se tiverem algum conteúdo. Você deve, portanto, personalizar essa variável com:
dired-recursive-deletes
e quando o prompter especificar:
M-x customize-variable
Você pode então escolher o comportamento clicando no botão "Menu Valor" e depois salvá-lo com o botão na parte superior do buffer.