Provavelmente, é uma boa idéia substituir o dissipador de calor / ventilador quando você substitui a CPU, mesmo não considerando problemas térmicos. Afinal, os fãs são partes móveis, e o desgaste faz afetá-las. Além disso, como aponta o @Braedley, a nova CPU provavelmente virá com um dissipador de calor adequado de qualquer maneira.