Se você não gosta de reinventar a roda, MP3Split (grátis) fará o trabalho.
"Mp3Splt é um utilitário gratuito que o ajudará a dividir arquivos mp3 e ogg marcando pontos de corte ou detectando silêncio. Se você quiser dividir um álbum, você pode selecionar pontos de divisão e nomes de arquivos manualmente ou obter automaticamente a partir do CDDB (internet ou um arquivo local) ou de arquivos .cue. "