Passar pelo problema de colocar all seus aplicativos em execução no WINE não parece uma boa solução para mim.
Minhas sugestões seriam:
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Use o Ubuntu sozinho e tente encontrar alternativas para o software que você usa. Para aplicações mais populares, você pode quase sempre encontrar uma contraparte adequada!
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Dependendo de quão mal a máquina XP está infectada, você pode tentar executar uma verificação de vírus e ver o que ela pega. Isso poderia poupar muito tempo reinstalando o sistema operacional, os drivers e todos os seus aplicativos. Se a máquina é verdadeiramente FUBAR, eu faria backup de todos os dados e ir para uma reinstalação do XP. Dependendo de quantos aplicativos você instalou, isso pode até ser uma opção mais rápida do que mexer no software antivírus. Desta vez, não negligencie o antivírus! A Microsoft fornece um software antivírus decente e gratuito chamado Security Essentials .
Tenha em mente que você não está isento de vírus só porque você executa o Linux. Ainda existem vírus para o SO, e cada vez mais estão sendo desenvolvidos à medida que ganham popularidade. O Windows, sendo usado mais intensamente por usuários finais e ambientes corporativos, naturalmente possui mais softwares maliciosos feitos para ele.