Poderia ser simplesmente que todos os dados estão espalhados pela sua partição C: e nada mais sinistro do que isso. Contanto que você tenha todo o espaço livre na unidade, eu não teria pensado que a instalação do Ubuntu causaria um problema.
Uma coisa que fiz para ajudar com isso foi usar um programa como MyDefrag para mover os dados na unidade.
Eu acredito que MyDefrag tem uma opção para consolidar dados em uma unidade e, assim, movê-lo para o início de uma unidade. Eu tinha uma unidade que era de 1 TB de tamanho e precisava reduzi-la para cerca de 200 GB, antes de usar o MyDefrag eu estava em uma posição semelhante a você, depois eu a reduzi ao que eu esperava.
Aqui está uma imagem, tente a opção "Consolidar espaço livre". Você precisará de direitos de administrador para executar o MyDefrag.
-=EDIT=-
Outraopçãopodeserexecutaro