Use wmctrl com o atributo -b add,sticky .
Por exemplo, para fixar o Firefox, faça:
$ wmctrl -r firefox -b add,sticky
Por padrão, wmctrl trata as sequências passadas como substrings para correspondência insensível a maiúsculas com legendas de janela de destino; passe -F para permitir comparação exata e case-sensitive, e use valores especiais :ACTIVE: e :SELECT: para usar a janela ativa ou permitir que o usuário clique no alvo.
wmctrl pode ser instalado com sudo aptitude install wmctrl .