Colocar um autorun.inf em branco e definir a permissão do arquivo para que ele não possa ser alterado, somente os vírus de stump não esperam tais truques. Para um vírus mais sofisticado que espere isso, é bastante trivial para o vírus substituir o autorun.inf protegido (embora, de fato, ele ajude a reduzir alguns vírus mais antigos). Como você pode imaginar, essa brecha não pode ser fechada, exceto por tornar a unidade USB totalmente não-editável.
Uma prática comum é comprar uma unidade USB que tenha uma chave de gravação e ativar a chave de gravação somente quando precisar gravar dados e somente em computadores confiáveis.