Para entender isso, primeiro você precisa entender a fragmentação.
O seu disco rígido é um disco magnético que pode armazenar dados binários on / off (magnéticos / não magnéticos) em cada "faixa" ao redor do disco (imagine um registro, ele lê do centro)
Quando você salva um arquivo em disco, o sistema operacional encontra um ponto para ele e o salva lá, portanto, por exemplo, se você tivesse 3 arquivos de texto, 1.txt, 2.txt e 3.txt, eles poderiam ser no disco como:
[1.txt]==[2.txt]=========[3.txt]
Agora, se você quisesse salvar o 4.txt, teria que fazer entre 2 e 3 - não há espaço entre 1 e 2 (talvez um arquivo que ocupasse apenas 2 = s tenha sido excluído, deixando uma lacuna), então seu novo disco se parece com
[1.txt]==[2.txt]===[4.txt]==[3.txt]
Limpo, certo? Não é verdade, como você vai salvar 5.txt?!
[1.txt][5[2.txt].tx[4.txt]t][3.txt]
Eugh! Isso leva um tempo para ler, não é? É o mesmo para o seu disco rígido, a cabeça de leitura tem que pular 2.txt e 4.txt enquanto ele está lendo! Isso é muito mais lento!
Agora, a maioria dos discos rígidos é grande o suficiente para armazenar mais de 5 arquivos de texto, então você tem muito mais espaço para brincar, mas você também está salvando arquivos muito maiores, então é meio que balancear.
Em seu contexto, é mais provável que um arquivo de backup seja danificado por uma falha de disco, pois ele está espalhado pelo disco; portanto, é muito mais provável que um bit com falha contenha um pouco do backup. A desfragmentação não altera o arquivo conforme o sistema operacional o enxerga, ele apenas o une no disco, o que significa que ler e escrever é muito mais rápido.